Музей археології, що діє при Національному заповіднику «Глухів», відкрито 6 листопада 2008 р. в день святкування 300-річчя проголошення міста столицею гетьманської і Лівобережної України. Підпорядкований Міністерству регіонального розвитку та будівництва України. Основу фондової колекції складають речові пам’ятки, знайдені на території літописного м.Глухова і Глухівського району під час проведення охоронних археологічних розвідок. Ідея створення музею виникла у 2002 р., коли до фондів заповідника потрапили перші експонати – фрагменти давньоруських кружальних горщиків. Глухівські старожитності мають перш за все наукову цінність, адже відображають історію межиріччя Десни і Сейму – найменш археологічно дослідженого регіону на карті Сумщини.
ала давньої історії охоплює археологічну спадщину міста від палеоліту до І тис. н.е.
Зала давньоруської доби презентує археологічні знахідки, які відображають історію Глухова Х-ХІІІ ст. та періоду Великого князівства Литовського ХІV-ХV ст.
Зал пізнього середньовіччя охоплює ІІ етап історії Глухова, коли місто у ХVІІІ ст. отримало статус столиці Гетьманщини. Відвідувачі мають змогу познайомитись із предметами побуту і знаряддями праці ХVІІ- ХVІІІ ст.
Однією з найбільш чисельніших є фондова колекція будівельних матеріалів.